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中小型外接气源臭氧机在生产用水的杀菌净化作用，臭氧在水中对细菌、病毒、微生物等杀灭率更高、速率迅速，对水里有机物等污染物质除去完全，而又不造成二次污染。这对食品工业用水有尤其意义。一般生产用水选用氯制剂开展消毒，因为水源遭受分析化学物质污染日益严重，氯制剂消毒之后造成氯仿、二氯乙烷、四氯化碳等氯化有机物，这种物质具备致癌性，因此欧盟我国已禁止使用氯系列高效消毒药物，日本也将逐渐禁止使用。而臭氧消毒解决后不造成二次污染化合物，且臭氧对病菌的杀灭率比氯制剂更高，杀灭速率大约是氯制剂的300-600倍。尤其在预冷消毒中，克服了次氯酸钠消毒后氯残余的缺陷，能够高效、经济、简单的杀灭病菌。目前有些应用巴氏消毒法，但又追求食品外观美观的食品行业，已经试着用臭氧消毒来替代巴氏消毒。